Perforácia vzniká u 7% pacientov s chronickým vredom žalúdka a u 11% pacientov s chronickým vredom duodena. Zaznamenané sú aj prípady perforcie „de novo“ z úplného zdravia. Najčastejšie vzniká perforácia v oblasti bulbu duodena a na prednej stene žalúdka pri malej kurvatúre. Perforácia môže byť volná, alebo krytá. Diagnózu odhalí RTG nativna snímka brucha – pneumoperitoneum. Liečba je vo väčšine prípadov operačná.

Gastroduodenálna vredová choroba je stav charakterizovaný vytvorením hlbokého slizničeného defektu v lamina muscularis mucosae – vredu (ulcus). Typickým klinickým príznakom je bolesť v epigastriu. Najčastejšou komplikáciou je krvácanie, ktoré sa prejavuje hematemézou alebo melénoznou stolicou. Diagnostika vredu bez perforácie je len endoskopická. Každý vred sa musí histologicky vyšetriť a vylúčiť možnosť prítomnosti malígnych buniek. Liečba je väčšinou konzervatívna (PPI, H2 blokátory), prípadne endoskopická. Až v prípade perforácie je nutná chirurgická intervencia.

GERD je stav, pri ktorom dochádza k patologického spätnému toku (návratu) žalúdočného obsahu do pažeráka. Existuje primárna a sekundárny refluxná choroba. V klinickom obraze dominuje pyróza, bolesť v epigastriu, dysfágia, niekedy dráždivý kašel. Neliečený reflux môže malignizovať, predchádza tomu vznik Barretovho pažeráku, ktorý je prekancerózou. Liečba je vo väčšine prípadov konzervatívna, a to úpravou životosprávy, prípadne medikamentóznou liečbou blokátormi protónovej pumpy či H2 blokátormi je možné zmierniť či eliminovať celkové príznaky.